Det var under 1600-talet som fiskare började bygga små fiskestugor på Malören. Detta för att under något bekvämare former än tidigare kunna skörda havets rikedomar.

Strömmingsfisket kulminerade under andra halvan av 1700-talet. På den tiden kunde så många som 70 båtlag, såväl självägande fiskarbönder från Karlö som fiskardrängarna från Torneå, befinna sig på ön samtidigt.

Observatoriet

I slutet av 1700-talet byggdes ett observatorium upp en bit sydost om kyrkan på Malören. Vid detta utförde Kalixsonen professor Jöns Jacob Svanberg mätningar för att fastställa jordens form.

Under de kallaste vinternätterna mellan 1802 och 1803 gjorde Jöns Jacob Svanberg mätningar genom vilka han fastslog latituden för Malören till 65 31 30. Det exakta värdet för Malörens latitud är idag bestämt till 65 31 41,2 så Svanbergs över 200 år gamla mätningar kan alltjämt sägas hålla måttet.

År 1806 tilldelades Jöns Jacob Svanberg ett prestigefyllt pris från franska ”Institut National” för årets bästa astronomiska arbete.

Finska kriget

Fram till 1809 var Malören finskt. Dock hade Finland tillhört Sverige i närmare 600 år innan dess. Under åren 1808-1809, då finska kriget utkämpades mellan Sverige och Ryssland, tillhörde Finland Sverige. Den 25 mars 1809 tvingades den svenska armen kapitulera i Kalix och Finland tillföll Ryssland.

Sverige avträdde Finland och Åland samt länder öster om Muonio och Torne älvar, men fick behålla Malören som nu kom att bli enbart svensk.

På 1700-talet beboddes ön av finska fiskare från Torneå och Karlö. Eftersom Malören nu blev svenskt ansåg man att en svensk skulle vara hamnfogde och år 1895 kungjordes att Kalixbon Per Bergström fick ämbetet.

Efter att handelstvånget upphörde 1765 började större fartyg synas i Bottenviken och behovet av säkrare farleder uppstod från Malören in till hamnar, sågverk och industrier. Därför beslöt man att sjömärken skulle byggas på Malören samt att farleder skulle få ordentlig utprickning. Det var startpunkten för utvecklingen av farledsutmärkning och lotsväsendet på Malören.