Malören har genom sitt läge varit den naturliga angöringen för sjöfart till hamnarna längst i norr. Sjömärken har funnits på ön i hundratals år. Sedan Sjöfartsstyrelsen beslöt att ta ansvar för regionens sjösäkerhet uppförde man en fyr på Malören. 

Den berömde fyrkonstruktören Gustaf von Heidenstam besökte Malören sommaren 1850 och ett år senare byggdes fyren och fyrvaktarbostaden. Byggnadssättet och fyrens formmässiga samklang med kyrkan visar på såväl Heidenstams känsla för miljön på Malören som hans kunskaper om konstruktion.

Till en början lyste fyren med hjälp av en oljelampa, år 1873 fick den istället en fotogenlampa. I slutet av 1880-talet byggdes ett torn på fyrmästarbostadens gavel och här installerades en lanternin och linsapparat som kom att ersätta den nybyggda fyren.

Sägnen säger att detta berodde på att fyrvaktaren inte orkade gå uppför trapporna i den riktiga fyren och istället föredrog den lägre fyrvaktarbostaden.

Fram till år 1910, då lotsarna tog över fyrens drift, lyste fyren från den låga fyrvaktarbostaden. Numera drivs fyren med elektricitet och sedan år 1986 med vindkraft. Malörens fyr lyser med två blinkningar för bokstaven ”M” var sjätte sekund.