Malörens karaktärsfågel är silvertärnan. Denna häckar i Europa, Asien och Sydamerika – och sommartid finns den alltså på Malören.

Malören är känt för sitt rika fågelliv. Som sista utpost i skärgården är ön en viktig rastplats och här finns även många häckande arter. Silvertärnan finns i stora mängder och kan sägas vara Malörens karaktärsfågel. Här pausar vadare på väg ännu längre norrut, och här häckar grågäss, vigg, småskrak och silvertärnor. Här häckar även den sällsynta labben och längs stränderna syns bland annat stor och liten strandpipare, roskarl och rödbena. I lagunen brukar många sjöfåglar hålla till. 

Sedan sommaren 2018, har Linus Hedh, doktorand vid Lunds universitet samlat in loggar från flyttfågeln Större strandpipare som han har studerat under två års tid. Linus Hedh arbetar med en avhandling om hur långt flyttfåglar flyger och hur ofta de landar. Resultatet ska vara användbart för att förstå mer om evolutionen av flyttfåglar och deras beteende. Men även om hur deras beteende kommer förändras vid klimatförändringar. 2021 avslutas insamlingen av loggor på Malören.

Normalt sett hittar man inte däggdjur på Malören. Detta eftersom de inte överlever de hårda vintrarna.